故事发生在2154年，故事从地球开始，杰克·萨利是一个双腿瘫痪的前海军陆战队员，他觉得没有任何东西值得他去战斗，因此他对被派遣去潘多拉星球的采矿公司工作欣然接受。
这个星球上有一种别的地方都没有的矿物元素“Unobtanium”，能够吸引人类不远万里来到这里拓荒的原因就是“Unobtanium”将彻底改变人类的能源产业。但是问题是，资源丰富的潘多拉星球并不适合人类生活，这里的空气对人类致命，本土的动植物都是凶猛的掠食者，极度危险。这里的环境也造就了与人类不同的种族：10英尺高（约3米）的蓝色类人生物“Na'vi族”。Na'vi族不满人类拓荒者的到来，也不喜欢人类的机器在这个星球的土地上因为到处挖矿而留下的斑斑伤痕。
《阿凡达3》的剧情主要围绕着前海军陆战队员杰克·萨利展开。在第二部中，杰克成为了纳美族领袖，并带领族人与人类进行了长时间的斗争。
在第三部中，战斗负伤导致下半身瘫痪的前海军陆战队员杰克·萨利，被派遣去潘多拉星球的采矿公司工作。
他需要打入纳美部落，外交说服他们自愿离开世代居住的家园，以便SecFor公司砍伐殆尽该地区的原始森林，开采地下昂贵的不可得资源。